Utfordringen med nedsenkbare merder ligger i at de kombinerer avansert mekanikk, krevende hydrodynamikk og høye krav til biologisk og operasjonell kontroll. Når merden senkes, endres lastbildet betydelig som følge av økt strømpåvirkning og redusert bølgepåvirkning, noe som stiller store krav til konstruksjon, oppdriftskontroll og fortøyning. Geometrien må opprettholdes gjennom hele vannsøylen for å unngå deformasjon av not, ujevn belastning og redusert vannutskifting. Samtidig blir inspeksjon, drift og vedlikehold mer krevende når konstruksjonen befinner seg under overflaten, med begrenset visuell tilgang og større avhengighet av sensorer og fjernopererte systemer. I tillegg må fiskevelferd ivaretas ved å sikre tilstrekkelig lys, oksygen og adferdsrom også i nedsenket posisjon. Samlet sett krever nedsenkbare merder presis styring, robuste systemer og kontinuerlig overvåking for å fungere sikkert og effektivt over tid.
