Den største utfordringen med nedsenkbare merder er at de kombinerer avansert mekanikk, kompleks hydrodynamikk og strenge krav til biologisk og operasjonell kontroll. Når merden senkes, endres lastforholdene betydelig som følge av økt eksponering for strøm og redusert bølgepåvirkning. Dette stiller høye krav til konstruksjonsdesign, oppdriftskontroll og fortøyningssystemer.
Geometrien må opprettholdes gjennom hele vannsøylen for å unngå deformasjon av noten, ujevn belastning og redusert vannutskifting. Samtidig blir inspeksjon, drift og vedlikehold mer krevende når konstruksjonen befinner seg under overflaten, med begrenset visuell tilgang og større avhengighet av sensorer og fjernstyrte systemer.
I tillegg må fiskevelferden ivaretas ved å sikre tilstrekkelig lys, oksygen og plass til naturlig atferd, også når merden er nedsenket. Samlet sett krever nedsenkbare merder presis kontroll, robuste systemer og kontinuerlig overvåking for å kunne operere trygt og effektivt over tid.
